从明朝到清朝，冯铨、刘正宗均卷入了南北党争，经历了各种各样险恶的政治风波，对南方籍官员恨之入骨，因而传说是他们二人以乡试“本为遴选真才，以备任使，关系最重”为由，指使任克溥上书揭发李振邺等南方大臣，这种说法必然不是空穴来风，两人之后抱着幸灾乐祸的态度推波助澜便是明证。
在随后的调查中，之前风头最劲的李振邺也最先倒霉，并由此牵扯出一大批人来，他的二十五个关系考生一个都没有漏网，其中的祸根就在他亲笔写的那张名单上。当初，李振邺将关节考生写在字条上，交给亲随灵秀去查对。事情完结后，李振邺该当向灵秀要回字条销毁，但他一时忙碌，竟然忘记了。灵秀还是个少年，根本不知道轻重，将字条拿给了同伴冯元看。冯元也是李振邺的家仆，李振邺素来刻薄少恩，冯元一直怀恨在心。他看到字条后，立即如获至宝地夺了过来，据为己有，打算日后作为钳制要挟李振邺的凭据。结果，吏部、都察院调查刚一开始，冯元就拿出了这张条子，铁证如山，按图索骥，名单上的人物也被一网打尽。
李振邺的二十五名关节考生中，排在首位的是浙江云间秀才陆庆曾，但此人恰恰不是入贿者，关节也不是出钱买的，而是李振邺主动送上门的。陆庆曾是明朝礼部尚书陆树声（明朝嘉靖二十年状元）之孙，不但少有才名，且家境富裕，擅园亭之胜，享誉名士二十年，偏偏老来不甘寂寞，参加了北闱考试。他精通医术，曾经治愈过李振邺的怪病，李振邺为了感激，便打算借中试来酬医。但无论是买是送，总是通了关节，陆庆曾也照此被逮捕下狱。他本来家世贵显，是个高枕无忧的富足翁，却因一时功利之心，转瞬身陷囹圄。
当时满汉大臣会审，大学士兼吏部尚书王永吉参与会审此案，十分卖力。满人大学士图海和大臣科尔坤还不懂得什么叫关节，王永吉为了讨好满人，眉飞色舞地给他们解释。结果，李振邺的名单上第二名就是王永吉的亲侄子王树德。这位大老爷登时面如死灰，垂头丧气，不得不照例请求回避，并上疏请罪。顺治皇帝特意下了一旨，说：“王永吉乃朕破格擢用，受恩深厚，未见恪尽职守，实心为国，负朕简任之恩，王树德系其亲侄，岂不知情？着降五级调用。”王永吉被降职后，又惊又怕，很快就病死了。
初审时，同考官中只有李振邺一人查有实据。众同考官都有卖关节之事，却唯独他一人受罚，李振邺自然不甘心，于是检举揭发了张我朴、蔡元禧等人。这些人又检举出其他同考官。一时间，赃官互相攻击，互揭其短，贿赂关节暴露无遗。案情很快就调查清楚了，共审实有四名同考官卖了关节，为李振邺、张我朴、蔡元禧、项绍芳，科臣陆贻吉也作为中间人牵涉其中。
十月二十五日，顺治皇帝谕旨下达：“贪赃坏法，屡有严谕禁饬，科场为取士大典，关系最重，况辇毂重地，系各省观瞻，岂可恣意贪墨行私，所审受贿用贿过付种种实情，目无三尺，若不重加惩处，何以警戒来兹？”（《东华录》）宣布对此案有关人员重加惩处：下令将李振邺、张我朴、蔡元禧、陆贻吉、项绍芳及行贿有据之举人田耜、邬作霖（《丁酉北闱大狱记略》作贺鸣郊）俱着立斩，家产籍没，父母、兄弟、妻子共一百零八人流徙关外的尚阳堡（今辽宁昌图）；主考官曹本荣、宋之绳因失察之罪，本该流徙，但因为日夕陪侍皇帝的缘故，特恩姑免之，只是各降五级调用。
此谕旨一下，朝野皆惊。科举作弊历代屡见不鲜，但从来没有处罚如此之重者。清朝之前，科场案的次数发生得不多，对涉案人员的处理无非是革职、流放。清朝史学家赵翼曾说：“唐时之科场处分本轻，至五代时，虽有科场处分，不过降秩而已，宋初因之。如宋真宗时，刘师道之弟刘幾道举进士，暗托考官陈尧咨，于卷中为识号，遂擢第。已而事泄，帝诏幾道落籍，永不予举；师道降忠武军行军司马，尧咨降单州团练使。此为五代及宋科场处分之大概。惟王钦若知贡举时，有任懿者，贿以白金二百五十两，遂得中。后事泄，钦若反委罪于同知举官洪湛，湛遂遭贬斥。赵翼叹道：“纳贿舞弊，仅至窜谪，科场之例，亦太弛纵矣！”（《廿二史札记卷二五》）
清朝立国后，恢复开科取士，科场积弊也沿袭下来。仅顺治一朝而言，自顺治二年（1645）乙酉清朝开科开始，几乎每科都有舞弊案发生。乙酉为清朝第一次举办科举，当年即发生一场大案，不过不是科场案，而是文字狱。河南乡试中，录内称“皇叔父”（指多尔衮）为“王叔父”，主考欧阳蒸、吕云藻均因此被革职，并交由刑部治罪。顺治四年（1647）丁亥会试，同考官袁襜如擅改朱卷，被革职处分。顺治十一年（1654）甲午乡试，顺天主考官范周、吴正治评阅试卷时，只有姓名，全无次第，给谏宋牧民亦称试录程文种种乖谬，并奉旨交刑部。尽管各案均有处罚，但十分轻微，大概正因为如此，所以才人人不以为意，到后来公然买卖关节，肆无忌惮。而顺治皇帝如此重视丁酉顺天科场舞弊案，不但大开杀戒，还株连亲属，视同谋反大逆，实在是出乎所有人的意料。也正自顺治皇帝开始，开了“科场作弊者死”之先例。
十月二十七日，李振邺等人被迅速处死。之前找李振邺通关节的尚有不少高官大臣，李振邺一直忍住没有揭发这些大臣，原是指望他们能出面相救。但直到上了刑场，才知道求生无望，立即大声呼叫怒骂，要揭发众大臣贿赂请托之事。不料刽子手没给他机会，手起刀落，终究含恨而死。
据《研堂见闻杂录》记载，下场最惨的是陆贻吉，他是江苏虞山人，崇祯十六年（1643）进士，为举子居间事发后，立即被逮捕入狱。因为他任职吏科给事中，名为监察之官，却作为中间人为举人和同考官牵线搭桥，所以处刑格外重，被腰斩于西市，情状至惨。陆贻吉的妻妾均有绝色美貌，一个儿子才四五岁，均受到牵连，被发配上阳堡为奴。娇妻少子，间关万里，匍匐道左，行人颇为同情，甚至有为之落泪者。
但此案还没有就此了结，顺治皇帝穷追到底，株连甚广，受牵连者达一百多人，以致“朝署半空，囹圄几满”。
顺治十五年（1658）正月十五元宵节之时，顺治皇帝召集中试举人（除去已经因通关节被定罪者）在太和门复试，题目由皇帝亲定，每名考生身后均有一名满兵监视，考生难免惴惴不安。顺治皇帝为了安定人心，特意下谕说：“尽心构艺，不必畏惧。”并派专人为考生供给茶烟，照料甚周。两日后放榜，取中米汉雯等一百八十二名，均准许参加当年会试。只有丁霍某某等八人因文理不通，被革去举人。
四月，“三法司”会审顺天闱案终结，刑部议奏：“王树德、陆庆曾、潘隐如、唐彦曦、沈始然、孙旸、张天植、张恂俱应立斩，妻子父母兄弟流徙尚阳堡；孙伯龄、郁之章、李贵、陈经在、丘衡、赵瑞南、唐元迪、潘时升、盛树鸿、徐文龙、查学诗俱应立斩，家产籍没；张曼、孙兰茁、郁乔、李苏霖、张绣虎俱应立绞；余赞周应绞监候，秋后处决。”跟以往只是罢官、革去功名比起来，处分得很重，案内人犯一律被判了死刑，所不同的只是“立斩”、“立绞”、“绞监候”三种死法各有分别而已。
四月二十二日，已经被判处死刑的四十名案犯突然被提出大狱。按照惯例，朝廷若有斩决，镇抚司开南角门，刑部备绑索、口衔（用以禁止犯人喊叫出声），点刽子手，工部肃街道。案犯听说镇抚司已经打开了南角门，又听说刑部已经准备了四十副绳索、四十枚口衔、四十名刽子手，无不魂飞天外。哪知道出了南角门后，案犯未被五花大绑，被押解去的地方也并非宣武门外菜市口的刑场，而是太和门。原来顺治皇帝认为人命关天，担心其中或有冤情，决定再亲自审讯一遍罪犯。皇帝亲审非同小可，刑部、大理寺各方人马无不到场，一干刑具也应有尽有，摆在一旁，案犯中吓得便溺齐出者大有人在。
在刑具的威逼下，王树德等人均供认作弊事实。只有张天植一人不肯屈服，自陈说：“孤踪殊遇，臣男已蒙荫，富贵自有，不必中试。况又能文，可以面试。”（《清稗类钞》）
张天植，字次先，号蘧林，浙江秀水（今浙江嘉兴）人，顺治六年（1649）进士第三名（探花）。据说他曾馈送南方权臣陈名夏白银五百两，得以荐官为翰林院编修，由此被卷入了南北党争。但他依附弹劾陈名夏的宁完我，得以免祸，官至礼部右侍郎。他后来是如何卷入丁酉顺天科场案，名字竟然出现在李振邺的关节名单上，具体情由不得而知。说起来确实很不合道理，他本已经是富贵等身的探花，为何还要再参加乡试？但白纸黑字，有李振邺亲笔书写的纸条为凭，他无论如何辩解都脱不了干系。也有传闻说，张天植的倒霉与南北党争有关。种种迷雾，种种流言，一切都表明，丁酉顺天科场案已经超乎了一般的科场案。
顺治皇帝对张天植的态度很是恼火，下令用刑。校尉虾（侍卫，满语称“虾”）立即上前夹住张天植的一只脚。但张天植仍然不肯承认，说：“恩赐死，无曲辞。若欲屈招通关节，则必不承受。”顺治皇帝听了这句话后，“上回面向内久之”，显然内心大起波澜，但其真实想法到底如何，却是秘不可知。有传闻说顺治皇帝钟爱的董鄂妃在这时候派人劝慰了天子。从时间上推断，董鄂妃此时因操劳过度和丧子之痛，已经病倒在床，按理已经完全没有心情来关注宫外之事。不论真实情况如何，许久后，顺治皇帝终于派侍卫传话给张天植说：“朝廷待汝特厚，汝前被论出，朝廷特召内升，何负于汝？平日做官，亦不甚贪猥，奈何自罹于辜？今俱从轻，各拿送法司。”虽然驳斥了张天植的话，但已经清楚下令要对所有案犯从宽处理，免除死刑，各自在长安街责打四十板后，流徙尚阳堡。
一干犯人死里逃生，转瞬又被押到刑部在长安街临时设下的公案，要当众杖打。轮到五十多岁的老名士陆庆曾时，监视的刑部堂官见他白发苍苍，不禁起了怜悯之心，相顾惋惜嗟叹。刑部皂役刚刚恶狠狠地打了两板子下去，陆庆曾已是血迹斑斑，说不出话来。刑部侍郎杜立德便忍不住了，拍案而起，呵斥道：“皇上以天恩特赐宽宥，你们却欲置之死地，这不是有意辜负上意吗？虽然是打四十大板，皇上的意思不过是示辱而已。如果我理解错了，我自己一个人承担。但你们不听我的话，我现在就踢死你们。”皂役被吓住了，于是下手轻了很多。于是，自陆庆曾起，后面的案犯均少了不少皮肉之苦。
案犯中的孙旸被判流刑，其父母、兄弟、妻子也该流配尚阳堡。孙旸的亲哥哥孙承恩在顺治十一年（1654）以太学生参加顺天府应试，居首荐，次年参加会试，中副榜。但孙旸遭殃时，孙承恩意外逃脱了牵连，而且参加了顺治十五年（1658）的会试。顺治皇帝在殿试阅卷中，看到孙承恩的名字后，突然一时心血来潮，怀疑他与顺天科场案中孙旸是兄弟，于是派遣学士王熙前去询问。孙承恩坦然承认自己是孙旸的亲兄长，表示不能为避祸而欺君。顺治皇帝很赏识他不欺君主的品德，不但免其连坐流徙之罪，还定他为一甲进士第一名（状元）。
之后，顺治皇帝还特意下了一道谕旨，警告说：“自今以后，凡考官士子，须当恪遵功令，痛改积习，持廉秉公。不得以此案偶从宽典，遂视常例，妄存幸免之心，如再有犯此等情罪者，必不姑宥。”
至此，轰动一时的丁酉顺天科场舞弊案宣告结束。这件案子是清朝开国以来第一件科场大案，从案发到结案，前后有半年之久，处分之重，牵连之广，足以震惊全国上下。但人们稍后才发现，与稍晚的江南案比起来，顺天案不过是小巫见大巫，更惊人的一幕还在后头。
贰、江南丁酉科场案
江南地杰人灵，素来为人文荟萃之地，才子名士层出不穷。明末清初之际，如号称“江左三大家”的钱谦益（娶秦淮名妓柳如是）、龚鼎孳（娶秦淮名妓顾眉）、吴伟业（字梅村，与秦淮名妓卞玉京有一段旷世情缘），复社公子侯方域（字朝宗，娶秦淮名妓李香君）、冒襄（字辟疆，娶秦淮名妓董小宛）、方以智、陈贞慧等，无一不是声动天下的名士。吴门诗人吴兆骞就出生在这样一个文风炽盛的地方。
吴兆骞，字汉槎，号季子，江苏吴江（今江苏吴江）人。他少有隽才，成名很早，九岁时就写出了数千字的《胆赋》，十岁时写出《京都赋》，声震文坛。才气纵横，又才名远播，养成了吴兆骞高傲狂放、愤世嫉俗的性情。他小时候在私塾读书，经常将同学的帽子拿来当溺器小便。当先生责问时，他竟然回答说：“与其放在俗人头上，还不如拿来盛小便。”先生由此叹息道：“此子将来必以名大惹祸。”吴兆骞却毫不以为然，非常自负地告诉好友汪钝说：“江东无我，卿当独秀。”非凡的自信和狂傲一览无遗。正因为他自少年时期起，便“为人简傲自负，不拘理法，不谐与俗”，因此乡里有不少人对他又嫉又恨。
吴兆骞曾随父亲宦游楚地四年，后因张献忠农民军起义烽火所及，奉母回到故乡。明朝灭亡后，吴兆骞归隐乡里，与江南士大夫互相唱和。大名士吴伟业对少年吴兆骞非常赏识，二人曾一同游历。
顺治六年（1649）吴地成立了“慎交”、“同声”二社，二社其实都是松江名士陈子龙所创建的畿社的分支。陈子龙抗清败亡后，畿社社事削弱，分出了慎交、同声二社。吴兆骞与兄长吴兆宽、吴兆宫加入了慎交社，他少年才俊，高谈雄辩，声望甚隆，被推举主持慎交社。当时名满江南的才子尤侗、计东、顾贞观等人加入了慎交社，成为社中重要人物。尤其是吴兆骞与顾贞观情投意合，二人结为生死之交。而后来吴兆骞罹难，顾贞观所表现出来的友情足以惊天地、泣鬼神。
［顾贞观，字华峰，亦作华封，又字远平，号梁汾，初名华文。江苏无锡人，出自无锡之邑的名门望族。其曾祖顾宪成为晚明东林党人的领袖。］
由于各守门户，慎交、同声二社势同水火，积怨很深。顺治十年（1653），吴伟业即将出仕清廷，北赴京师前，他受钱谦益委托，出面调和社事。两社人马应吴伟业召集，在虎丘举行大会。九郡之人才齐聚虎丘广场，盛况空前。尤其是吴兆骞与吴伟业即席唱和，才华逼人，令吴伟业嗟叹不已，以为自己也不能及。一时间，吴下英俊都以结识吴兆骞为荣，时人将他和陈维崧、彭师度并称为“江左三凤”。吴伟业更是对宾客说：“江左三凤凰，阳羡有陈生，云间有彭郎，松林吴兆骞，才若云锦翔。”
虎丘大会还算圆满，就连归庄这样的人也都参加了（归庄是复社重要成员，以性格孤傲怪僻著称。时人将他和顾炎武并称为“归奇顾怪”），但是二社的裂痕依旧。尤其令吴伟业难堪的是，大会快要结束的时候，突然有一个少年投函给他，信上写着一首诗：“千人石上坐千人，一半清朝一半明，寄语娄东吴学士，两朝天子一朝臣。”极尽能事地嘲讽吴伟业即将出仕清廷。吴伟业看了信后，立即站了起来，但默然无语。
虎丘大会后，吴兆骞才名轰动一时，甚至传入了京师，“诸前辈巨公，恨不识吴生也”。可惜命运无常，这位文采风流的江南才子竟然离奇地卷入了丁酉江南科场案，从此被抛进了苦难的深渊。
在各省乡试中，顺天闱为北方最重，江南闱则为南方最重，二省录取举人的名额也是高居前两位。顺天闱之所以排在第一，不过因为是“天子脚下”的首善之区，沾了京师和皇帝的光。而江南闱能排在第二，则全靠地域人文荟萃、真枪实弹的本事了。江南多名士，江南闱也素来被认为是国家选拔人才最关紧要的所在，因而在选派考官方面特别慎重。顺治十四年（1657）丁酉科的主、副考官方猷、钱开宗，是顺治皇帝千挑万选出来的，并寄予厚望。二人临行前，顺治皇帝特意召见，要二人敬慎秉公，并警告说倘所行不正，决不轻恕。不过因为科场积弊已深，之前的处罚又轻微有限，加上汉官素来有欺负满人不通翰墨之心，方猷、钱开宗二人跟顺天闱的同考官李振邺一样，并没有太将少年皇帝的话放在心上。
到了南京后，主、副考官方猷、钱开宗自以为天高皇帝远，早就将顺治皇帝的提醒忘到九霄云外，大肆徇私舞弊。结果榜发后，取中者颇多富贵人家子弟，士论大哗，愤愤不平者大有人在。有人写文章怒骂，还有人写诗嘲讽道：“孔方主试合钱神，题目先论富与贫。金陵自古称金穴，白下于今中白丁。”不过，影响最大的还是南京书肆刚刚刊刻发行的《万金记》一书，万是方猷的“方”字去一点，金字则为钱开宗的“钱”字的一半，“万金”二字即是影射方猷、钱开宗两考官的姓。书中揭露了主考官纳贿通贿的情形，历历如绘，只是隐去了当事人姓名。
另外还有一出名叫《钧天乐》的杂剧，也是写科场故事，分上、下两本。上本写文才出众的沈子虚，应试落第，而不学无术的贾斯文等，却因财势而得中。主考名叫胡图，是“糊涂”的谐音；三鼎甲名叫贾斯文、程不证、魏无知，谐音分别为“假斯文”、“真不证”、“鬼无知”。剧本中有一首《黄莺儿》词：“命意在题中，轻贫士，重富翁。诗云子曰全无用，切磋欠工，往来要通，其斯之谓方能中，告诸公，方人子贡（孔子弟子，以善于营财著称），原是货殖家风。”淋漓尽致地揭发了主考官纳贿作弊的行为。下本写天界考试真才，沈子虚遂中状元，并得夫妻团圆，表现了作者的幻想。此剧刚好写成于江南闱发榜后，时人均疑影射科场，每每演出，“观者如堵墙，靡不咋舌骇叹”，“吴中好事者传为美谈”（《钧天乐自记》）。
方猷、钱开宗二人离开江南回京师，路过常州和苏州时，一路都有人随舟唾骂，甚至投掷砖石，吓得二人一路都躲在舱中。来时前呼后拥，无比风光；去时却是藏头缩尾，丝毫不敢抛头露面，可谓对比鲜明。
顺天科场案发后，李振邺等人被处极刑，并株连极广，朝中北方籍大臣刘正宗自然不会放过“荼毒南士”的大好机会。经过一番周密的策划后，顺治十四年（1657）十一月二十五日，工科给事中阴应节（山西洪洞人）上疏参奏说：“江南主考方猷等弊窦多端，发榜后，士子忿其不公，哭文庙、殴帘官，物议沸腾。”为此，他还举出了此事中乘机滋弊、冒滥贤书的典型：少詹事方拱乾的第五子方章钺因与方猷联宗而被取为举人。
方章钺出身海内著名世家桐城（今安徽）方氏。方氏号称“江东华胄第一”，门中数代科第仕履繁盛，声名显赫。方章钺本人也是江南有名的才子，以他的文章才华，不中举才是咄咄怪事。但阴应节有意选中他为箭靶弹劾，其实是将目标对准了方章钺的背后——其在朝为官的父亲方拱乾（时任詹事）和兄长方玄成（后因避康熙名玄烨改名方孝标，时任内弘文院侍读学士）、方亨咸（时任监察御史）、方膏茂几人。
方拱乾，初名策若，字肃之，号坦庵。他少年聪颖，七岁已经“能属诗文”，二十岁时，诗文为世人称许，与同乡姚孙森等五人并称为“六骏”。崇祯元年（1628）中进士，授官庶常。后以翰林身份任东宫（太子）讲官。明朝灭亡后，方拱乾先是被攻入北京的李自成大顺军俘虏，受到酷刑折磨，后以行贿得免。清军入山海关，李自成弃北京退往山西，方拱乾乘乱南归。顺治十一年（1654），因两江总督马国柱等人推荐，方拱乾被清廷起用，初为内翰林秘书院侍讲学士，后升詹事府右少詹事，兼内翰林国史院侍读学士。
清朝初年，桐城方氏享大名者，莫过于方拱乾父子。方拱乾有六个儿子，依次为玄成（顺治六年进士）、亨咸（顺治四年进士）、育盛（顺治十一年中举）、膏茂（举人出身）、章钺、奕箴。他取名有一原则，即所谓的“文头武尾”——第一字以一点一划起笔，第二字以斜钩收尾。其时，方氏父子文名震动天下，长子方玄成更是成为顺治皇帝极为宠信的文学侍从之臣，深遭北方大臣忌恨。而方拱乾早前曾在“南太子案”中得罪过刘正宗，刘正宗恨之入骨，一直要找机会报复。
［南明弘光政权建立后，弘光帝朱由崧过着逐酒征歌、荒淫无耻的生活，同时，也生怕有人夺取他的皇位。清顺治二年（1645）年初，南明鸿胪寺少卿高梦箕的奴仆穆虎从北方南下，途中遇到一位叫王之明的少年，结伴而行。晚上就寝时，穆虎发现少年内衣织有龙纹，惊问其身份，少年自称是明皇太子。崇祯太子朱慈烺在李自成退出北京后，散失民间，久无消息。高梦箕虽然难辨真假，但却有心投机，心想万一这少年是真太子，那就是奇货可居。于是，他不但不上报，反而急忙将王之明送往苏州、杭州一带隐蔽。可是世事难料，这王之明经常招摇于众，露出贵倨的样子，引起人们的注意，背后窃窃私议。高梦箕惧怕惹祸上身，不得已密奏朝廷，弘光帝大惊失色，急忙派遣内官持御札宣召。清顺治二年（1645）三月初一日，少年来到南京，被交付锦衣卫冯可宗处看管。第二天，弘光帝面谕群臣道：“有一稚子言是先帝东宫，若是真先帝之子即朕之子，当抚养优恤，不令失所。”随令侯、伯、九卿、翰林、科、道等官同往审视。刘正宗当时在弘光朝任职，曾担任东宫讲官，熟悉太子模样，一眼就看出是奸人假冒。同样熟识太子的方拱乾也被召来辨认，但他出人意料地保持了沉默，由此引来谣言纷纷，对弘光帝不满的人乘机兴风作浪，散布流言蜚语，刘正宗的信誉也大受影响，由此深恨方拱乾。其实，方拱乾明知太子是假，他刻意沉默，不过是借以表示对弘光政权的不满而已。
顺治皇帝当时正为顺天科场案恼火，接到阴应节的奏疏后，赫然震怒。他立即召来方玄成询问究竟。往昔顺治皇帝对方玄成优渥眷顾，都是亲切地称呼他的号“楼冈”，从不直呼其名，还经常说“方学士面冷，可做吏部尚书”，但此刻却是翻脸无情，声色俱厉。方玄成如实告诉皇帝说：他们方家出自安徽桐城，已历数世，而江南主考官方猷是浙江人，从未同宗，他弟弟方章钺根本不在回避之列。事情显而易见，阴应节是诬奏之词。顺治皇帝这才颜色稍缓，但又口气严厉地告诉方玄成说：“此案既然要从严办理，方章钺亦不能例外。”方玄成深知伴君如伴虎的道理，何况天子正在气头上，因而除了附和外，别的话再不敢多说。
之后，顺治皇帝暗中打听江南闱的情况，结果宫中太监找来《万金记》和《钧天乐》的刊刻本。皇帝看过后，本来还对其中的情节半信半疑，但听说《钧天乐》是尤侗所写后，立即转变了态度。
尤侗，字展成，号西堂，江苏长州人。少时便有神童之誉。后加入吴兆骞主盟的慎交社，遍交江南名士。他的诗写得情真性灵，且在文体上体现出极大的开拓性和创造性，被吴伟业称为“骚坛盟主”。尤侗有一篇写西厢《临去秋波那一转》的时文，深为顺治皇帝赏识。顺治皇帝多次向身边人称赞尤侗，说他是“真才子”，“极善作文字”，还将尤侗极富文采的《讨蚤檄》一文展示给翰林院学士们说：“此奇文也。”
在这样的背景下，顺治皇帝完全相信《钧天乐》中所描述的科场弊端情形是事实。他因而下定了决心，一定要严办。一道上谕颁行江南：“据奏南闱情弊多端，物议沸腾，方猷等经朕面谕，尚敢如此，殊属可恶。方猷、钱开宗并同考试官，俱着革职，并中试举人方章钺，刑部差员役速拿来京，严行详审。本内所参事情及闱中一切弊窦，着郎廷佐（时任两江总督，两江即江南、江西两省）速行严查明白，将人犯拿解刑部。方拱乾着明白回奏。”
方猷、钱开宗当时已经回到北京，立即被革职下狱，等待调查。同考官李上林、商显仁、叶楚槐、钱文灿等人是来自浙江各县的举人以及进士出身的知县，也同时被革职，结果相关县地的衙门为之一空。两江总督郎廷佐接到圣旨后自然不敢怠慢，联同漕运总督亢得时，迅速展开了调查。又听说京城同考官李振邺等人已经掉了脑袋，更加惶恐不安，唯恐祸及己身。在这样的前提下，郎廷佐能查到事实真相还好，查不到事实真相势必要找出几个替罪羊来。
詹事方拱乾无辜受此牵连，倒也没有惊慌，因为他自己很清楚，阴应节的奏疏不过是凭白诬陷之词，因此明白地声辩说：“臣籍安徽，与主考方猷从未同宗，故臣子章钺不在回避之例，有丁亥、己酉、甲午三科齿录可据。”
方拱乾父子作为壮年新进的书生，不仅对党争的残酷性知之不深，对当时的时局也没有清醒的认识。清朝以异族入主中原，对汉人士族十分警惕。多尔衮执政时，对汉人大臣一向采取猜疑、压制的态度。前面提到的南北党争中南方大臣陈名夏、龚鼎孳与北方大臣冯铨争斗，多尔衮公然庇护名声很坏的冯铨，就是因为冯铨是最早剃发留辫的汉人大臣之一，远比陈名夏、龚鼎孳对清朝更为忠心耿耿。
不过，多尔衮死后，顺治皇帝亲政，立即一改多尔衮的政策，对笼络依靠汉人大臣表现出异乎寻常的热情。顺治九年（1652）四月，顺治皇帝在一道谕旨中宣布，为防止诸王公大臣因循怠玩，允许满汉官吏互相参劾对方的玩误之处。次年六月二十七日，他又提出，内三院为机密重地，事务殷繁，应选举贤能之人任职，并特别指明每院应设汉官大学士二员。到顺治十一年（1654），十七名大学士中只有两名满人，其余都是汉人大臣，直接参与了制定政策、发布政令等国家大事的处理。顺治皇帝还突破了汉人大臣不得掌印的陈规。顺治十二年（1655）八月，都察院署承政事固山额真卓罗奉命出征，顺治皇帝即命汉承政龚鼎孳掌管部院印信。之前，部院印务向来由满人大臣掌管，正官公出时，则由次官代理，从未有汉人掌管印信，以致龚鼎孳接到任命后吓得不轻，战战兢兢地上疏恳求撤去这一任命。但顺治皇帝未予接受，坚持要龚鼎孳接管印信。
表面上看起来，自顺治皇帝掌权，汉官的地位显著提高了，但这起初不过是少年皇帝刻意要表现得与他所痛恨的多尔衮不同，之后则是为了统治的需要。在年轻皇帝的骨子里，对汉人大臣的戒备和警惕并未比多尔衮减轻多少。顺治登上皇帝之位并不是必然，而是多方政治势力复杂斗争和相互妥协的结果。他幼年即位后，都是其叔多尔衮在殿堂上发号施令。其母孝庄太后有男人般的雄才大略，为了避免儿子受到多尔衮猜忌，多次教育顺治皇帝要韬光养晦，在这样环境下长大的皇帝，心理压抑，脾气暴躁，性好猜忌，后来一旦掌权，则任性得一发不可收拾。他喜欢汉人服饰，喜欢汉人文学，也大力提拔汉人文士，但这并不代表他就此信任汉人。
举例而言，之前提到过，汉人高官陈名夏被杀的引子是顺治皇帝喜欢明朝衣冠，被杀的原因是南方大臣党争失败。这不过是表面现象。当时，南方战火纷纷，南明李定国正攻打广东，沿海一带的郑成功也蠢蠢欲动，打算联合南明抗清作战。在这样的局势下，陈名夏看到顺治皇帝喜欢明朝衣服后，随口说了句“留头发，复衣冠，天下即太平”，便立即勾起了顺治皇帝深藏于心的警觉，杀机立现。实际上，陈名夏之死是顺治皇帝猜疑汉人大臣的一次公然展露。而在汉人大臣中，因南方陷落较晚，尤其是清军在江南遭到激烈的抵抗，一手炮制了“扬州十日”、“嘉定三屠”等诸多惨剧，深遭江南士民怀恨，因而较之北方大臣，清廷对南方大臣更不放心。这就是为什么在清初多次南北党争中，北方派屹立不倒、南方派多遭惨败的根源。